(Laboratoriet er i løpet av en periode på 1990-tallet for øvrig en del av Statens veterinære laboratorietjeneste (SVL) som omfattet landets veterinære diagnoseinstitusjoner.)

I 1997 endret man tilhørigheten til LD og gikk over til å bli såkalte forvaltningsorgan med særskilte fullmakter.

Instituttet blir fra 1.1.1997 organisert som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter og finansieringsstrukturen blir lagt om (jfr. St.prp.nr.63 1995-96 og St.prp.nr.1 1996-97 (Landbruksdepartementet) s. 14-15.

I forbindelse med omorganisering av høgare utdanning og sektorforskning på landbruksområdet (jfr. St.prp.nr 63 1995-96) blir høgskolene under Landbruksdepartementet; Norges Landbrukshøgsole og Norges Veterinærhøgskole, overført til Kirke- utdannings- og forskningsdepartementet. Videre blir de statlige forskningsinstitusjonene under Landbruksdepartementet;
- Norsk institutt for landbruksøkonomisk forskning,
- Norsk institutt for skogforskning,
- Norsk institutt for planteforskning og
- Statens veterinære laboratorier
organiserte som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter med ny finansieringsstruktur.

St.prp.nr 63 1995-96 Om omorganisering av høgre utdanning og sektorforskning på landbruksområdet.
https://www.stortinget.no/no/Saker-og-publikasjoner/Stortingsforhandlinger/Lesevisning/?p=1995-96&paid=2&wid=c&psid=DIVL1066&pgid=c_0569&s=True

• Veterinærmedisinsk Oppdragssenter A/S (VESO)

Trondheimsavdelingen av Veterinærmedisinsk Oppdragssenter (VESO) er fra 1. mars innlemmet i Veterinærinstituttet.

Omtale på Veterinærinstituttets hjemmeside:
«VESO Trondheim har en spesialkompetanse på prosjekter, tiltak og utredninger knyttet til bekjempelsen av sykdommer hos fisk, samt bevaring og forvaltning av ville laksestammer. Avdelingen er et kompetansesenter for bekjempelse av Gyrodactylus salaris på villlaks, og har ansvar for blant annet genbanken for villaks. Aktiviteten ved VESO Trondheim er hovedsakelig finansiert av Direktoratet for Naturforvaltning.

- Overtakelsen innebærer en økt satsing på helse og sykdom hos viltlevende dyr og fisk, og er dermed en oppfølging av stategiplanen ved Veterinærinstituttet, sier administrerende direktør Roar Gudding, og ønsker de nye medarbeiderene velkommen til Veterinærinstituttet.

Veterinærinstituttet overtar arbeidsgiveransvaret for VESO Trondheims 14 medarbeidere, samt avdelingens prosjekter og avtaler. Veterinærinstituttets regionale laboratorie i Trondheim er fra før samlokalisert med den nye seksjonen.
Kilde: www.vetinst.no