Under Fiskeridirektoratet ligger bl.a. Fiskeridirektoratets Havforskningsinstituttet, Fiskeridirektoratets kjemisk-teknisk forskningsinstitutt og Fiskeridirektoratets bygnings- og maskinteknisk avdeling.

-----------------------------------------------------------------------------------------

Når det gjelder Fiskeridirektoratets kjemisk-teknisk forskningsinstitutt og Fiskeridirektoratets bygnings- og maskinteknisk avdeling ble forskningsvirksomheten som foregikk ved begge disse enhetene overført til det nye Fiskeriteknologiske forskningsinstitutt (FTFI) ved etableringen av dette tidlig på 1970-tallet (se St.meld.nr.36 1970-71). Senere er Fiskeriteknologiske forskningsinstitutt (FTFI) omdannet til et aksjeselskap i NORUT Gruppen AS og eies pr 2001 51% av NORUT Gruppen AS (http://www.norut.no/) og 49% av Fiskeridepartementet. Navn pr. 2001: Fiskeriforskning - Norsk institutt for fiskeri- og havbruksforskning A/S (http://www.fiskforsk.norut.no/)

• Trankontrollen

• Saltsildvrakingen

• Klippfiskvrakingen

• Ferskfiskkontrollen

• Statens institutt for hvalforskning

• Samvirkekonsulent

• Havforskningsinstituttet

• Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning

Ernæringsinstituttet ble skilt ut fra Fiskeridirektoratet med virkning fra 1. januar 2003. Instituttet er nå direkte underlagt Fiskeridepartementet og har endret navn til Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning (NIFES).En viktig grunn til utskillelsen var å få et klarere skille mellom risikovurdering - som skal være en uavhengig vitenskapelig prosess - og forvaltning (tilsyn m.v.) knyttet til sunn og trygg sjømat. Ledes av et styre som øverste organ. Om utskillelsen: Se bl.a. St.prp.nr.1 Tl. 11 (2002-2003) (http://odin.dep.no/repub/02-03/stprp/1t11/) og B.innst.S.nr.8 Tl. 1 (2002-2003) (http://www.stortinget.no/innb/innb-200203-008-t1.html )
---------------------
Fram 1975 var virksomheten organisert som en avdeling i direktoratet; Avdeling for vitaminundersøkelser. Fra 1975 ble avdelingen omorganisert til Fiskeridirektoratets vitamininstitutt. I 1985 endret enheten navn til Fiskeridirektoratets ernæringsinstitutt.

Fiskeridirektoratet har med bistand fra Statskonsult foretatt en gjennomgang av direktoratet sentralt. Gjennomgangen resulterte i en ny og mer hensiktsmessig sentralorganisasjon fra 1. mars 2003. Dette innebærer færre avdelinger med klarere oppgavefordeling, tydeligere ansvarsfordeling i toppledelsen og klarere rapporterings- og styringslinjer for ytre etat. Ansvaret for arbeidet med trygghet og kvalitet ved sjømat er skilt ut i en egen avdeling, og vil bli overført til Mattilsynet med virkning fra 1. januar 2004.

Beslutningen om at oppgavene med trygghet og kvalitet ved sjømat skal overføres til det nye Mattilsynet utløste også behov for en omorganisering av Fiskeridirektoratets regionstruktur for å sikre en optimal ressursutnyttelse. Dette var i hovedsak bakgrunnen for regjeringens beslutning om at Fiskeridirektoratets regioner skulle reduseres fra ni til fem, med regionkontor i Tromsø, Bodø, Ålesund, Måløy og Egersund.

I samsvar med Stortingets anmodningsvedtak den 19. desember 2002 i Budsjett-innst. S. nr. 8 Tillegg nr. 1 (2002-2003), har regjeringen imidlertid omgjort vedtaket, slik at regionkontorene for Fiskeridirektoratet i Trondheim og Vadsø også videreføres.
Ny regionstruktur skal være etablert fra 1. januar 2004. Med sju regioner vil de administrative innsparingene bli lavere enn det var lagt opp til.

Kilde: St.prp.nr.1 2003-2004, Fiskeridepartementet s. 28-29

Ansvaret for arbeidet med trygghet og kvalitet ved sjømat ble skilt ut i en egen avdeling i Fiskeridirektoaret fra 1.3.2003. Avdelingen ble overført til Mattilsynet med virkning fra 1. januar 2004.

• Forvaltningsdivisjonen
• Tilsyns- og kontrolldivisjonen

Fiskeridirektoratet ny organisering 1.11.2022

Fiskeridirektoratet organiseres etter funksjoner. Fiskeridirektoratet går fra å ha et hovedkontor i Bergen og fem regioner, til to nasjonale divisjoner. Divisjonene er delt mellom forvaltningsoppgaver og kontroll- og tilsynsoppgaver.

Det skal opprettes tre lederklynger i henholdsvis Bergen (hovedkontor), Bodø og Tromsø. Fra 1. november vil det bli opprettet to landsdekkende divisjoner, en for forvaltning og en for kontroll og tilsyn. Ledelse for forvaltningsdivisjonen skal ha kontorsted i Tromsø, mens ledelsen for kontroll og tilsyn skal ha kontorsted i Bodø. I tillegg skal ledelsen for fartøy og deltakerseksjonen ligge i Vadsø og ledelsen for seksjon for reaksjoner skal ligge i Ålesund.

Direktoratet viderefører sine 20 kontorer langs hele kysten fra Vadsø i nord til Fredrikstad i sør.

Kontorene med flest ansatte er fortsatt Tromsø, Bodø, Ålesund, Måløy, Bergen og Egersund.

Fiskeridirektoratet har også kontorer i Vadsø, Båtsfjord, Honningsvåg, Hammerfest, Finnsnes, Sortland, Svolvær, Leknes, Sandnessjøen, Rørvik, Trondheim, Kristiansund, Kopervik og Fredrikstad.

I forbindelse med overgang til funksjonsorganisering opprettes det tre lederklynger i etaten;
- et hovedkontor i Bergen samt to landsdekkende divisjoner,
- en for forvaltning, hvor ledelsen er lokalisert i Tromsø og
- en divisjon for kontroll og tilsyn der ledelsen har kontorsted i Bodø.